Skolens præcise alder fortaber sig i middelalderkildernes tavshed, men undervisning i sang og latin er utvivlsomt begyndt samtidig med stiftets oprettelse i 1060. Den ældste skriftlige kilder, der nævner skolen, er fra 1130 og vi har derfor valgt det runde årstal 1100 som en rimelig antagelse om skolens begyndelse.
Mandag d. 4. september 2000 fejrede Viborg Katedralskole sit 900-års jubilæum og markerede derved sin enestående position i dansk skolehistorie. Hendes Majestæt Dronningen og Hans kongelige Højhed Prinsen deltog i festlighederne og var sammen med ansatte, elever og øvrige gæster med til at gøre dagen til en helt speciel begivenhed.
Gennem de mange år har skolen ligget rundt om i byen, men med de nye skoleordninger i begyndelsen af dette århundrede blev der brug for nye og store bygninger og i 1926 flyttede Viborg Katedralskole uden for byens grænser. Hack Kampmanns pompøse bygning, fredet siden 1988, har siden været skolens hjemsted.